閩南佛學(xué)院分設(shè)男眾部和女眾部。男眾部設(shè)在南普陀寺內(nèi)，女眾部設(shè)在景致秀麗的金榜山紫竹林寺。

紫竹林寺位于福建省廈門(mén)市吳倉(cāng)社董村，金榜公園左側(cè)。舊為「寶山巖」，俗稱「董內(nèi)巖」，始建于明朝萬(wàn)歷年間。相傳有當(dāng)?shù)貐切沾迕裨诖司虻氐脤?，即營(yíng)建巖寺，是為「寶山巖」和「董內(nèi)巖」名稱之由來(lái)。巖側(cè)原有泉水清冽，據(jù)傳宋幼主今后經(jīng)過(guò)，曾掬泉止渴，乃稱為「圣泉」，為禾山四臺(tái)甫泉之一。

巖泉于清初兵燹?？滴醵迥?一六八六年)，有同安寺光隱僧人居此重興寺巖，并就地購(gòu)置寺田，與門(mén)徒耕作自食，篤修圣道，并于巖側(cè)勒石忠告諸徒：「嚴(yán)守田產(chǎn)，持行農(nóng)禪，躬耕力食，不與眾人爭(zhēng)利?！骨迥┟癯酰钐靡蛳佅x(chóng)蛀蝕傾危，蔣以德居士及地方董事集資于高昂地帶重修大殿及僧舍寮房。

一九四九年后，寺院一度駐扎軍隊(duì)，上世紀(jì)八十年月末軍隊(duì)撤離，由廈門(mén)市釋教協(xié)會(huì)接受，并由南普陀寺及閩南佛學(xué)院募建，作為閩南佛學(xué)院女眾分院學(xué)舍。

一九九一年動(dòng)工興建，一九九七年年完工。學(xué)院女眾入遷，并改稱紫竹林寺。一九九八年八月舉行完工開(kāi)光儀式。